เรื่องราวนี้เป็นภาคต่อจากภาพยนตร์แขนกลคนแปรธาตุ (2017) โดยเน้นไปที่ชาวอิชวาล ซึ่งมีเอกลักษณ์เป็นผมขาวและตาแดง รวมถึงนับถือพระเจ้า แต่หลังจากสงครามกับอเมสทิส ทำให้พวกเขาต้องเผชิญกับการสังหารจากกองทัพนักเล่นแร่แปรธาตุจนสูญเสียชีวิตจำนวนมาก สการ์ นักฆ่าผู้แข็งแกร่งจากอิชวาลจึงโกรธแค้นและเริ่มล่าจับนักเล่นแร่แปรธาตุทีละคน

เพื่อปกป้องสองพี่น้องเอลริค เอ็ดเวิร์ดและอัลฟอนโซ่ พันเอกรอย มัสแตง จึงส่งผู้ติดตามมาอารักขา แต่พวกเขาก็ไม่สามารถหลีกเลี่ยงการตามล่าของสการ์ได้ ในการปกป้องอัลฟอนโซ่ เอ็ดเวิร์ดต้องสูญเสียแขนกล สองพี่น้องเอลริคจะสามารถรอดพ้นจากเงื้อมมือของสการ์ได้อย่างไร