เรื่องราวเกิดขึ้นต่อจากภาคแรก เมื่อเอ็ดเวิร์ดและอัลฟอนส์เดินทางมายังเมืองเซ็นทรัล ทว่าพวกเขากลับต้องเผชิญกับการโจมตีจากสการ์ ฆาตกรต่อเนื่องที่ไล่ล่านักเล่นแร่แปรธาตุของทางการ ซึ่งทำให้ออโตเมลของเอ็ดเวิร์ดเสียหาย แต่เหตุการณ์นี้กลับเป็นจุดเริ่มต้นที่ทำให้พวกเขาตระหนักถึงความจริงอันขมขื่นเกี่ยวกับสงครามฆ่าล้างเผ่าพันธุ์ นำพาพวกเขาไปสู่สงครามครั้งสุดท้ายที่เปลี่ยนแปลงทุกอย่าง