ซาเอบะ เรียว หรือที่รู้จักกันในชื่อ ซิตี้ฮันเตอร์ เป็นสายลับรับจ้างที่มีฝีมือยอดเยี่ยม เขารับงานล้างแค้นให้กับผู้ที่ถูกเอารัดเอาเปรียบโดยใช้ปืนลูกโม่คู่ใจและทักษะการต่อสู้ที่เหนือชั้น ในครั้งนี้เรียวได้รับมอบหมายให้ตามหาเด็กหญิงชื่อ คุโรมิ ซึ่งถูกกลุ่มอาชญากรตามล่าด้วยเหตุผลบางประการ สายลับหนุ่มต้องเผชิญหน้ากับองค์กรใหญ่ที่เป็นศัตรูตัวฉกาจและต้องไขปริศนาเบื้องหลังเหตุการณ์แปลก ๆ ที่เกิดขึ้นที่ย่านชินจุกุ พร้อมทั้งพยายามปกป้องคุโรมิจากอันตรายที่กำลังคุกคามเธออยู่