Men In Black 2 (2002) “เอ็มไอบี หน่วยจารชนพิทักษ์ 2” เกิดขึ้นตลอดระยะเวลา 4 ปี นับจากที่เจ้าหน้าที่ทั้งสองร่วมมือกันปัดเป่าภัยพิบัติของห้วงจักรวาล เคย์ได้หวนคืนสู่ชีวิตแบบมนุษย์ปกติ ขณะที่เจย์เข้ารับตำแหน่งแทนอดีตคู่หู ในฐานะลูกจ้างผู้ทรงประสิทธิภาพที่สุดของหน่วยงานอันไม่เป็นทางการของรัฐบาล ซึ่งมีหน้าที่จัดการเอเลี่ยนทุกประเภทบนพื้นโลก
ระหว่างการออกสำรวจอาชญากรรมของเอเลี่ยนตามปกติ เจย์ค้นพบแผนการชั่วร้ายของเซอร์ลีน่า ศัตรูจากดาวไคโลเธียนที่ซ่อนตัวตนที่แท้จริงไว้ภายใต้คราบของนางแบบชุดชั้นในสุดเซ็กซี่ โดยมีเพื่อนร่วมแก๊งสองหัวแต่มีสติปัญญาครึ่งเดียวนามว่า สแคร็ด/ชาร์ลี
มีเพียงบุคคลเดียวที่ล่วงรู้ปฏิบัติการลับของเซอร์ลีน่า นั่นก็คืออดีตเจ้าหน้าที่เคย์ ผู้ซึ่งตอนนี้ทำงานอยู่ในหน่วยงานรัฐอีกแห่งหนึ่งที่ทำการไปรษณีย์อเมริกา เจ้าหน้าที่เจย์และเคย์กลับมาร่วมทีมกันเพื่อต่อสู้กับหญิงสาววายร้ายเจ้าของแผนการที่ยากเข็ญและท้าทาย MIB มากที่สุด นับตั้งแต่องค์กรนี้เคยปฏิบัติการปกป้องโลกจากเงื้อมมือของบรรดาสวะอวกาศทั้งหลาย!