ใน “Deep Blue Sea 3” เกาะ Little Happy ในช่องโมซัมบิกตกอยู่ในอันตราย เมื่อฉลามที่ถูกดัดแปลงพันธุกรรมให้ฉลาดและอันตรายยิ่งขึ้นหลุดจากห้องทดลอง หลังจากสังหารผู้คนมาแล้วนับสิบ พวกมันมุ่งหน้าสู่เกาะเล็กๆ ที่มนุษย์สร้างขึ้นแห่งนี้ ซึ่งเป็นที่ตั้งของแหล่งอนุบาลสัตว์ทะเลและแหล่งท่องเที่ยวทางทะเลที่สวยงาม เอ็มม่า คอลลินส์ และทีมนักอนุรักษ์สิ่งแวดล้อมผู้ดูแลเกาะ ต้องเผชิญหน้ากับภัยคุกคามจากฉลามสายพันธุ์ใหม่สามตัวที่กำลังเข้ามา พวกเขาต้องปกป้องระบบนิเวศอันบอบบางและชีวิตของตนเองจากสัตว์ร้ายที่ฉลาดเหนือธรรมชาตินี้