ภาคนี้เป็นการเล่าเรื่องต่อจากภาคที่แล้ว โดยเริ่มต้นเมื่อเอ็ดเวิร์ด หลิน และเอ็นวี่ถูกกลัตโตนีกลืนกินเข้าไป เอ็ดสามารถหาทางออกจากร่างของกลัตโตนีได้สำเร็จ และได้พบกับตัวการที่เหล่าโฮมุนคูลุสเรียกว่าพ่อ ซึ่งมีรูปลักษณ์คล้ายกับแวน โฮเอนฮาร์ม พ่อของสองพี่น้องเอลริค การพบกันนี้ทำให้เอ็ดเข้าใจเรื่องพันธะสัญญาและการสังเวยมากขึ้น เรื่องราวจะดำเนินไปอย่างไรต่อไป และเอ็ดจะสามารถหาวิธีคืนร่างให้กับอัลได้หรือไม่