วันหนึ่ง หญิงสาวชื่อ จิโยเมะ เฮโซกะคูเระ พร้อมเด็กชายชื่อ ชินโซ ได้เดินทางมาที่บ้านของครอบครัวโนฮาร่า เพื่อบอกกับฮิโรชิและมิซาเอะว่าเธอคือแม่ที่แท้จริงของชินจัง แม้ว่าเรื่องนี้จะทำให้ทุกคนประหลาดใจ แต่ครอบครัวโนฮาระก็ไม่สามารถไล่เธอไปได้ จึงยินยอมให้เธอพักอาศัยหนึ่งคืน ในคืนนั้น กองทัพนินจาลึกลับบุกเข้าจู่โจม ทำให้จิโยเมะและชินจังหายตัวไปอย่างลึกลับ

ในหมู่บ้านนินจาตระกูลเฮโซกะคูเระ พวกเขากำลังทำหน้าที่ปกป้อง “สะดือโลก” ด้วยทองคำบริสุทธิ์และวิชานินจาโบราณที่ตกทอดจากรุ่นสู่รุ่น หากสะดือโลกหลุดออกมา โลกจะถึงกาลวิบัติ ฤดูกาลจะสิ้นสุด และวันพรุ่งนี้จะสูญหายไปตลอดกาล ชินจังที่ถูกลักพาตัวไปยังหมู่บ้านนินจานี้ จึงต้องเปิดเผยชาติกำเนิดที่แท้จริงเพื่อปกป้องอนาคตของโลก รวมถึงวันพรุ่งนี้ของครอบครัวให้ได้